Если целью прямоугольника является просто установить какой-либо цвет в качестве фона, тогда вы можете установить цвет фона по умолчанию для самой сцены при ее инициации.В Scene есть несколько конструкторов для установки заливки.Примерно так: ..
c1 = new Scene(l1, Color.WHITE);
В качестве альтернативы из вашего примера вы можете установить StackPane в качестве корневого узла сцены и установить цвет фона StackPane.
StackPane root = new StackPane();
root.setStyle("-fx-background-color:white;");
root.getChildren().add(l1);
c1 = new Scene(root);
Илиесли у вас есть другие причины использовать Shape, то вы можете установить Shape как первый дочерний элемент для StackPane.
StackPane root = new StackPane();
Rectangle r = new Rectangle(0, 0, 1366, 1366);
r.setFill(Color.WHITE);
root.getChildren().addAll(r,l1);
c1 = new Scene(root);
Я бы порекомендовал вам пройтись по всем макетам JavaFX, чтобы получить некоторую базовую идею.,Это поможет в принятии хороших дизайнерских решений.:)