Полагаю, вы сейчас работаете так: ваши «внешние модули» - это просто набор исходных файлов без файла проекта. Каждый раз, когда добавляется исходный файл, вы обновляете все файлы проекта приложения, добавляя новый исходный файл, чтобы он компилировался во все сборки приложения.
Я думаю, вы делаете это неправильно. Ваш файл решения проекта должен содержать ссылку на отдельный файл проекта visual studio для каждого внешнего . Каждый исходный файл должен быть скомпилирован ровно в одну сборку.
Например, у вас может быть библиотека C #, совместно используемая несколькими веб-приложениями. Эта библиотека имеет собственный файл проекта .csproj, который находится во внешнем местоположении. Если исходный файл добавлен в библиотеку, файл .csproj обновляется. Обновленный файл .csproj затем извлекается через декларацию svn: externals при обновлении проекта.