Я полагаю, что Eclipse поставляется с внутренними компиляторами, и вы можете выбрать совместимость с Java от 1.3 до 1.6 (проверьте меню Preferences в Java-> Compiler). Так что Eclipse не нужен внешний JDK для компиляции, потому что он поставляется вместе с ним самодостаточно.
Если вы хотите создать сценарий сборки вне Eclipse, вам понадобится внешний компилятор, например, тот, который поставляется с настоящим JDK.