Это потому, что у вас есть левое соединение, но затем поместите левую таблицу в условие where для создания внутреннего соединения.
Два исправления, поместите условие в соединение:
select count(orders.id) as order_count, sum(orders.total_cost) as total_spent, CONCAT_WS(", ", `last_name`, `first_name`) AS `customer_name`, users.id as user_id
from users
left join orders on users.id = orders.user_id and orders.status != 'Canceled'
group by user_id
order by order_count asc
или тест на ноль
select count(orders.id) as order_count, sum(orders.total_cost) as total_spent, CONCAT_WS(", ", `last_name`, `first_name`) AS `customer_name`, users.id as user_id
from users
left join orders on users.id = orders.user_id
where coalesce(orders.status,'') != 'Canceled'
group by user_id
order by order_count asc