Нечто похожее на EclEmma (http://www.eclemma.org/) может быть тем, что вы ищете. Оно показывает покрытие кода для пакетов, классов, методов и отдельных строк.
Некоторые строки никогда не будут покрыты на 100% (например, Enums), но это даст вам хорошее представление о том, что используется.