Дополнительно вы должны прочитать значение прозрачности (альфа) изображения.Затем вы также должны масштабировать это значение.Затем вы можете написать изображение с альфа-значением.
[im, map, alpha] = imread('image.png');
im2=imresize(im,[200,200]);
resizedAlpha = imresize(alpha,[200, 200]);
imwrite(im2, 'image2.png', 'Alpha', resizedAlpha);