Как отметил @ImportanceOfBeingErnest в комментариях, вы можете просто установить галочки явно с помощью
plt.gca().set_xticks([0, .1, 1, 10])
Но так как вы запрашиваете более общее решение, я подумал предоставить одно - вы можете получить существующие xticksи просто удалите второй без разбора со следующим (вероятно, способ свернуть это в одну строку)
ticks = plt.xticks()[0]
ticks[1] = ticks[0]
plt.xticks(ticks[1:])
Очевидно, что это немного тупой подход, поскольку он будет всегда удалите вторую метку, даже если она не мешает.