Моя проблема в моей MacOS заключается в том, что я могу использовать R из GUI (он же консоль, загруженный из CRAN), Терминала или из RStudio, но я не могу заставить их функционировать таким же образом.
Конкретный пример: я могу использовать rJava на терминале и RStudio, но не на графическом интерфейсе.Подобные вещи случаются с выходом Rmarkdown в формате PDF.Я обычно получаю ошибки из графического интерфейса, но все нормально на терминале или RStudio.Как мне обновить настройки GUI R до тех же, что и у Terminal?
ps.Например, команда R CMD javareconf обрабатывает терминал R, но не графический интерфейс R.
edit: На самом деле это не то, что требует минимального рабочего примера, но давайте попробуем library(rJava) после его установки.
R Вызывается из терминала (то же самое с RStudio)
Без проблем.
sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5
Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] C/UTF-8/C/C/C/C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0
R GUI
sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5
Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0 tools_3.5.0
Некоторые различия между Sys.getenv () заключаются в том, что GUI имеет следующие дополнительные
LD_LIBRARY_PATH :@JAVA_LD@
DYLD_LIBRARY_PATH /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server
Краткое обновление: мне удалось исправить RmarkdownСитуация по этой ссылке и чтение справки, написав ?Startup на консоли R.Изменен файл Renviron на моем R.home()/etc/.Но все равно нет rJava.