поместите еще один этап агрегации $, раскрутите между текущими этапами 2 и 3.
// Stage 2
{
$lookup: {
from: "Groups",
localField: "orgID", // organization table org id
foreignField: "otherIds.orgID",
as: "group-section"
}
},
// New Stage
{
$unwind: {
path: "$group-section",
preserveNullAndEmptyArrays: true
}
}
// Stage 3
{
$lookup: {
from: "GroupContents",
localField: "group-section.groupID",
foreignField: "groupID",
as: "group-section"
}
},