После публикации на нескольких сайтах MS, я получил этот ответ от Microsoft, если он поможет.
WMSDK, наша основная зависимость для кодирования WMV, имеет эти ограничения. Обратите внимание, что эти ограничения также были введены в WME.
Вы пытаетесь кодировать что-то меньше 64 пикселей в ширину или в высоту? Если это так, я предлагаю вам почтовый ящик. Текущие профили VC-1 или H.264 не поддерживают ширину 4096, поэтому ограничение уже превышает то, что вы можете достичь с помощью нашего поддерживаемого выходного формата.
Это оставило бы ограничение «делится на 4», которое я бы посоветовал вам просто либо почтовый ящик, либо немного обрезать другой способ обойти этот предел. WMSDK требует не только ограничения «делится на 4», но также помогает во время кодирования (размер макроблока) и декодирования (заполнение строк сканирования не требуется).