Вам необходимо включить porcentaje в вашу группу.
Если вы подумаете об этом, ваш sql-запрос будет таким же, как
SELECT SUM(L.total_linea * I.porcentaje / 100) AS Total, I.porcentaje
FROM linea_pedidos L
INNER JOIN iva I ON L.id_iva = I.id_iva
GROUP BY L.id_iva , I.porcentaje
ORDER BY I.porcentaje DESC
, который вы можете перевести на
from l in linea_pedidos
join i in iva on l.id_iva equals i.id_iva
select new
{
l.id_iva,
i.porcentaje,
total = l.total_linea * i.porcentaje / 100
} into s
group s by new { s.id_iva , s.porcentaje } into g
orderby g.Key.porcentaje descending
select new { Total = g.Sum(t => t.total) , g.Key.porcentaje }