У меня есть пара пакетов R в CRAN, в которых есть предупреждения от Solaris (и иногда OSX), связанные с недоступностью pandoc для сборки виньетки.Например, вот результаты ggseas
для CRAN и исходный код для виньетки - немного изменен по сравнению с версией, представленной в CRAN, но не соответствующим образом.
Беглый поиск в Google показывает, что эта проблема встречается часто.Также легко найти дюжину проблем на GitHub для отдельных пакетов, но я не могу найти ничего, что указывает на решение.Предположительно, сопровождающие CRAN просто забывают об этом, но это не так, если это так.Мне не нравится ставить флажок «Я разрешил все заметки и предупреждения из последней отправки», когда это не соответствует действительности.
Теперь, некоторые счастливчики или умелые люди имеют виньетки rmarkdown, которые нене вызывает этой проблемы.Например, виньетка tidyr не содержит предупреждений для Solaris и OSX в CRAN .Но я не вижу ничего другого в преамбуле виньетки тидир:
---
title: "Tidy data"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
%\VignetteIndexEntry{Tidy data}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
%\VignetteEncoding{UTF-8}
---
или в файле DESCRIPTION, который содержит эту строку,
VignetteBuilder: knitr
, которая отличается от моейвиньетка, которая зажигает предупрежденияВот что у меня есть:
---
title: "ggseas - seasonal decomposition on the fly"
author: "Peter Ellis"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
%\VignetteIndexEntry{ggseas - seasonal decomposition on the fly}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
%\VignetteEncoding{UTF-8}
---
У меня также есть knitr
и rmarkdown
в разделе «Предложения» файла DESCRIPTION, который является одним из решений, упомянутых при обсуждении различных вопросов (часто с последующим «но»).это не исправляет ").
Чего мне не хватает?В чем секрет, чтобы избежать создания этих предупреждений на CRAN?К сожалению, экспериментировать с этим нелегко, поэтому было бы здорово, если бы мы смогли получить здесь окончательный ответ для всех людей, обеспокоенных этим.
Редактировать / добавить - полные файлы ОПИСАНИЯ
Хэдли Уикхем предположил, что проблема, скорее всего, связана с файлом пакета DESCRIPTION
, а не с самой виньеткой.
Вот файл DESCRIPTION ggseas
, который генерирует предупреждение:
Package: ggseas
Title: 'stats' for Seasonal Adjustment on the Fly with 'ggplot2'
Version: 0.5.4
Authors@R: c(
person("Peter", "Ellis", , "peter.ellis2013nz@gmail.com", c("aut", "cre")),
person("Christophe", "Sax", role = "ctb")
)
Maintainer: Peter Ellis <peter.ellis2013nz@gmail.com>
Description: Provides 'ggplot2' 'stats' that estimate seasonally adjusted series
and rolling summaries such as rolling average on the fly for time series.
Depends:
R (>= 3.1.2),
ggplot2 (>= 2.0.0)
Imports:
seasonal,
rlang,
stats,
zoo
License: GPL-3
LazyData: true
RoxygenNote: 6.0.1
BugReports: https://github.com/ellisp/ggseas/issues
Suggests: testthat,
knitr,
rmarkdown
VignetteBuilder: knitr
Вот файл ОПИСАНИЕ tidyr, пакета, который не генерирует предупреждения:
Package: tidyr
Title: Easily Tidy Data with 'spread()' and 'gather()' Functions
Version: 0.8.1.9000
Authors@R: c(
person("Hadley", "Wickham", , "hadley@rstudio.com", c("aut", "cre")),
person("Lionel", "Henry", , "lionel@rstudio.com", "aut"),
person("RStudio", role = "cph")
)
Description: An evolution of 'reshape2'. It's designed specifically for data
tidying (not general reshaping or aggregating) and works well with
'dplyr' data pipelines.
License: MIT + file LICENSE
URL: http://tidyr.tidyverse.org,
https://github.com/tidyverse/tidyr
BugReports: https://github.com/tidyverse/tidyr/issues
Depends:
R (>= 3.1)
Imports:
dplyr (>= 0.7.0),
glue,
magrittr,
purrr,
Rcpp,
rlang,
stringi,
tibble,
tidyselect
Suggests:
covr,
gapminder,
knitr,
rmarkdown,
testthat
LinkingTo:
Rcpp
VignetteBuilder: knitr
LazyData: true
Roxygen: list(markdown = TRUE)
RoxygenNote: 6.0.1
Второе редактирование / добавление - воспроизводится на rhub
Вот что я вижу при использовании rhub::check(...)
для платформы Solaris.Здесь есть некоторые подсказки о том, что проблема связана с изображениями, что соответствует одному предложению в Twitter (виньетка tidyr
не имеет изображений).Поскольку в моей виньетке нет смысла без изображений (это графический пакет), это может оставить меня в тупике.
✔ checking package vignettes in ‘inst/doc’
─ checking running R code from vignettes ...
‘ggseas.Rmd’ using ‘UTF-8’ ... OK
NONE
W checking re-building of vignette outputs
Error in re-building vignettes:
...
Warning in engine$weave(file, quiet = quiet, encoding = enc) :
Pandoc (>= 1.12.3) and/or pandoc-citeproc not available. Falling back to R Markdown v1.
Warning in (function (filename = "Rplot%03d.png", width = 480, height = 480, :
unable to open connection to X11 display ''
Quitting from lines 47-49 (ggseas.Rmd)
Error: processing vignette 'ggseas.Rmd' failed with diagnostics:
unable to start device PNG
Execution halted