Возможная проблема здесь - использование глобальной установки Pyinstaller.Эта установка не знает о пакете pip, загруженном с помощью Pipenv.
Я попытался еще раз в оболочке Pipenv, и он отлично работал:
pipenv shell
pip install pyinstaller
pyinstaller script.py -F
Теперь модуль правильно упакован.