Нам действительно нравится fixx , он предоставляет практически все, что нам нужно, и все очень быстро его подбирают.
Я некоторое время пробовал использовать trac, но нашел, что поддержка нескольких проектов - что-то вроде хака. У Bugzilla были проблемы с юзабилити, и потребовалось много времени для настройки. Basecamp также действительно хорош, но мы хотели что-то, что было принято с нашей стороны, а не в «облаке».
edit: и я использовал OnTime на своем последнем месте работы (версия winforms) - его было противно использовать, все находили кривую обучения довольно крутой, и ни в коем случае затраты не были оправданы.