Не путайте, как вы пишете 'запросы' в интерфейсе командной строки MySQL, с тем, как вы делаете это с API.
Команда MySQL просто оборачивает API чем-то вроде оболочки.
Используя API, вы действительно можете выполнять только один запрос за раз. Конечно, клиентская часть API может сделать что-то умное и интерпретировать точки с запятой, разбиваясь на несколько запросов для вас, но это, вероятно, не так уж полезно для достаточного количества людей.