Из командной строки:
for /f %f in ('dir /s /b mypath\*.pdf') do @copy %~nxf myotherpath
Поскольку это командная строка, а не командный файл, вам нужен только%, а не %%.
dir / s / b является рекурсивным и пустым. (см. dir /?)
@ перед копированием останавливает эхо каждой команды копирования. Вы можете повторить их, если хотите, до вас.
% ~ nxf получает имя и расширение% f. (см. звонок /?)