Подмодуль - это другой репозиторий, связанный с вашим основным репозиторием.
Если вы изменяете файлы внутри, вам сначала нужно зайти в эту папку (или открыть эту папку как отдельный репозиторий в инструменте с графическим интерфейсом).) и совершить / нажать оттуда.Фиксация будет нацелена на этот другой репозиторий, а не на ваш собственный.
После этого вам нужно изменить ссылку в вашем основном репо, чтобы она указывала на новый коммит.Это делается обычными "git add _submodule_folder_", "git commit", "git push".