Вам следует взглянуть на sox , который может конвертировать практически любой формат в другой, включая преобразование частоты дискретизации и, в вашем случае, интересное преобразование канала.В документации вы найдете много примеров того, как его использовать.
В вашем случае я бы не советовал просто извлекать один канал из аудио, потому что это может означать, что желаемый звук находится только на другом канале, который не выбран..
Если вы хотите иметь полный контроль над аудио, вы можете погрузиться в bass.dll в связке с bass.net.dll, что позволяет вам смешивать каналы вместе или выбирать определенныйканал.