Небольшая проблема с цветом легенды в PCA, это ошибка или неправильная запись моего скрипта? - PullRequest
Новая
       54

Небольшая проблема с цветом легенды в PCA, это ошибка или неправильная запись моего скрипта?

0 голосов
/ 13 декабря 2018

Я запустил PCA и настроил его через ggplot (по данным DESeq2 RNAseq).Все выглядит хорошо, за исключением легенды, которая выглядит абсолютно черной для двух генотипов (см. Легенду о генотипе справа на картинке), в то время как сама PCA выглядит великолепно (генотип 1 хорошо окрашен в зеленый цвет, а генотип 2 - в красный, оба индивидуально сформированы с помощьютемная граница).Я перепробовал много работ, но застрял в поисках легенды.Спасибо за помощь.

Сценарий: 

############# PCA
names<-colnames(rld)

pcaData <- plotPCA(rld, intgroup=c("Genotype", "Treatment"), returnData=TRUE)

percentVar <- round(100 * attr(pcaData, "percentVar"))


ggplot(pcaData, aes(PC1, PC2, color=Genotype, shape=Treatment, fill=Genotype, label=names)) +
  geom_point(size=3) +
  ggtitle("PCA | Prunus") +
  theme(legend.position = "right") +
  xlab(paste0("PC1: ",percentVar[1],"% variance")) +
  ylab(paste0("PC2: ",percentVar[2],"% variance")) + 
  coord_cartesian()+
  scale_shape_manual(values=c(21,23))+
  scale_color_manual(values = c("#000000", "#000000")) +
  scale_fill_manual(values = c("#78D212", "#C12D0D")) +
  stat_ellipse(type = "norm", geom="polygon", level=0.8,alpha=0.2)+
  theme(
    axis.line = element_line(colour = "black", size = 1, linetype = "solid"),
    panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "black", size = 2, linetype = "solid"),
    panel.grid.major = element_line(colour ="grey", size = , linetype = "dashed"),
    panel.grid.minor = element_line(colour ="black", size = , linetype = "dashed")
    )

График (см. 2 черных кружка в легенде генотипа (вместо ожидаемой зеленой и красной + черной линии)):

Link

Ниже приведены некоторые тесты, которые я провел в соответствии с комментариями.

Ссылка

Спасибо за вашу помощь.

...