Версия продукта будет номером версии всего приложения.
Версия файла будет номером версии этого компонента.
Оба обычно синхронизированы, но не обязательно. Это будет зависеть от того, насколько модульным было ваше приложение.
Так, например, у вас может быть приложение, скажем, версии 2.3.4.0, но один компонент для чтения файлов, версия 5.6.7.0, поскольку оно унаследовано от другого приложения, и другое, версия 1.2.0.0, так более свежее дополнение.
Кроме того, некоторые компоненты могут не меняться между выпусками, поэтому теоретически они должны оставаться в исходной версии файла.
Однако, поскольку это может вызвать путаницу (не в последнюю очередь с разработчиком) в отношении того, какой файл идет с какой версией продукта, эти цифры часто синхронизируются.