Я все еще новичок в dsub (https://github.com/DataBiosphere/dsub), и у меня возникла проблема с использованием переменных среды.
Когда я передаю две переменные среды и пытаюсь использовать их, добавляя их вВ существующем скрипте Python я получаю сообщение о том, что мой процесс Python был убит. Я передаю скрипт Python как входной файл и запускаю его, используя bash.
С другой стороны, если я использую переменные среды вСценарий, который ничего не делает, кроме как извлекает их из среды и печатает их содержимое, сценарий работает нормально. Например,
var1 = os.environ['VAR1']
var2 = os.environ['VAR2']
var1 = int(var1)
var2 = int(var2)
print(var1,var2)
Мой конвейер dsub выглядит так:
dsub --provider google-v2 --project my-project
--zones "us-central1-*" --logging "gs://my-bucket/get_vcf_sample_ids.sh/logging"
--disk-size 500 --image paulwoelfel/docker-gcloud --input INPUT_VCF="gs://my-bucket/script.py"
--output OUTPUT_FILE="gs://my-bucket/output/sample_ids.txt" --script ./examples/custom_scripts/bash_file.sh
--env VAR2=1300 --env VAR1=1000 --wait
Любая помощьвыяснить, почему мой процесс был убит, было бы здорово. Пожалуйста, дайте мне знать, что еще я могу предоставить, чтобы помочь вам лучше понять вопрос.
Спасибо