Вам необходимо открыть графическое устройство перед вызовом функции:
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/grDevices/html/png.html
После открытия каждый график будет записан на это устройство, пока вы не вызовете dev.off()
.
Таким образом, вы должны сделать:
jpeg(filename = "yourname.jpeg")
x= wTO.Complete(k = 32, n = 100, Data, Overlap, method = "p", method_resampling = "Bootstrap", pvalmethod = "BH", savecor = F, expected.diff = 0.2, lag = NULL, normalize = F, plot = T)
dev.off()
Затем вы можете использовать / передавать свой график, сохраненный в yourname.jpeg
.