Попробуйте использовать это
$allowed = array('pdf');
$filename = $_FILES['document_file']['name'];
$ext = pathinfo($filename, PATHINFO_EXTENSION);
if(!in_array($ext,$allowed) ) {
echo 'Please, only upload PDF files';
}
То, что вы также можете сделать, это позволить PHP вызвать скрипт BASH для подтверждения того, что это ОС PDF, что я бы не советовал вам делать, но этонастолько низкий уровень, насколько это возможно.Вы также можете использовать регулярные выражения в bash или PHP для проверки заголовков файлов, если они совпадают с заголовками файлов PDF.