Проблема в том, что вам не хватает таблицы стилей.Если вы посмотрите на вывод HTML Flask, он покажет <p><code>block
\ n .Таким образом, выделенный код виден, и вывод HTML отображается правильно.
Краткий пример, который непосредственно показывает результат при выполнении кода:
from flask import Flask, render_template_string
from flask_misaka import markdown
app = Flask(__name__)
with app.app_context():
render_template_string('{{s}}', s=markdown("```block```\n", fenced_code=True))