R таблицы по сути являются матрицами.Функция prop.test может обрабатывать матрицы, поэтому используйте те же данные с переключенными столбцами:
> prop.test( matrix(c( 375,292,1227,546), 2))
2-sample test for equality of proportions with continuity correction
data: matrix(c(375, 292, 1227, 546), 2)
X-squared = 35.656, df = 1, p-value = 2.355e-09
alternative hypothesis: two.sided
95 percent confidence interval:
-0.15362412 -0.07510846
sample estimates:
prop 1 prop 2
0.2340824 0.3484487
Я думаю, что другой метод мог бы заключаться в обмене столбцами с:
table(a$cluster,a$AD_2)[ , 2:1]