Вы можете добавить манифест, используя внешний файл. Просто поместите манифест в папку с exe-файлом и назовите его «file.exe.manifset», где file.exe - имя исполняемого файла. Однако в Server 2003, Vista и более поздних версиях, если в программе имеется встроенный манифест, внешний манифест по умолчанию будет игнорироваться. Существует раздел реестра, который переопределяет это поведение, или вы можете использовать mt.exe из Windows SDK, чтобы заменить манифест в exe. См. эту ссылку для более подробной информации.
Для существующих приложений, которые пытаются записать в Program Files или HKLM, они должны работать в Vista, потому что Vista перенаправляет записи в другое место и сообщает приложению, что запись успешно завершена.