В папке проекта хранится папка nbproject (конфигурация Netbeans для проекта). Исходная папка - это место, где у вас есть все ваши вещи.
Они могут быть разными, но вам нужно проверить Поместить метаданные NetBeans в отдельный каталог в мастере создания проекта. После этого его нельзя изменить.