Не знаю почему, но после вызова синглтона:
MyModel :: findById ($ id)
... исходная коллекция, на которой я определилконструктор модели изменяется с 'myCustomCollection' на 'my_model'
Я исправил это, добавив некоторый временный код в метод _getResultSet из приложения/vendor/phalcon/incubator/Library/Phalcon/Mvc/MongoCollection.php (строка 310)
$cursor->setTypeMap(['root' => get_class($base), 'document' => 'array']);
if (true === $unique) {
/**
* Looking for only the first result.
*/
$output = current($cursor->toArray());
$output->setSource($base->getSource());
return $output;
}