Если два столбца в вашем вводном примере хранятся в отдельных массивах , следующее дает желаемый результат (PSv3 +):
$arr1 = "BN6", "BY21", "BY4", "CBR20"
$arr2 = "BIO70", "BN6", "BY21", "BY4"
Compare-Object $arr1 $arr2 -IncludeEqual |
Select-Object @{ n='A_Site'; e={ if ($_.SideIndicator -in '==', '<=') { $_.InputObject } } },
@{ n='B_Site'; e={ if ($_.SideIndicator -in '==', '=>') { $_.InputObject } } }