Вы можете сначала определить элементы, которые нужно удалить, а затем выполнить итерацию по списку, удаляя их один за другим: (обратите внимание, что вся операция должна выполняться внутри контекста базы данных, иначе она не будет работать)
var toRemove = list.Where(l => l.id == 1 || l.id == 2 || l.id == 3);
foreach (var item in toRemove)
{
databasecontext.table.Remove(item); //replace databasecontext.table with your own context and table name
}