Это был бы способ сделать это:
1) Создание новой ветви из вашего основного ствола (давайте предположим, здесь для примера dev)
git checkout dev
git checkout -b dev/rubocop-changes-no-app
2) Взять все ваши изменения из ветви Rubocop (но не допустить завершения слияния)
git merge --no-commit dev/rubocop-changes
3) Перемотать каталог / app обратно в состояние, в котором он был до слияния
git checkout dev -- /app/*
4) Затем завершаем коммит слияния
git commit -am "merge commit message here"