Я работаю с App Engine 1.9.2, а он уже работает не только для JSP, но и для сервлетов и кода Java.
Если ваш проект основан на Maven, и вы запускаете свой сервер с mvn appengine:devserver
, после изменения некоторого кода все, что вам нужно сделать, это
mvn package
и обновите страницу в браузере.