Чтобы переопределить этот метод, вам нужно создать подкласс Zend_Db_Table_Abstract. Вот так:
<?php
abstract class My_Db_Table_Abstract extends Zend_Db_Table_Abstract
{
...
public function fetchAll($where, $order)
{
...
}
...
}
Затем убедитесь, что ваши модели расширяют My_Db_Table_Abstract. Таким образом, вы всегда будете наследовать свой переопределенный метод fetchAll.