Добавление метаданных обратно в AndroidManifest.xml исправило проблему для меня.
<application>
<activity
...>
</activity>
<meta-data
android:name="io.fabric.ApiKey"
android:value="xxxxxx" />
</application>
Я храню ключ API в обоих местах (AndroidManifest.xml и fabric.properties).Надеюсь, это сработает и у вас.