Проект JUpload в Sourceforge имеет удобную реализацию с открытым исходным кодом того, что вы ищете. Вот демоверсия .
Но IMO - это кошмар UI по сравнению с загрузчиками только на основе файлов js / flash ... апплеты слишком медленные и неуклюжие, чтобы найти место на современных веб-сайтах.
И этот блок утверждения, разрешающий доступ к системе пользователя, не будет вызывать никакого доверия к вашему приложению, несмотря на проблемы безопасности. Что касается среднего Джо, если они могут загружать несколько файлов без хлопот, зачем им сталкиваться со странным диалоговым окном для папки?