На данный момент я бы держался подальше от флеш-плагинов. Вместо этого я использовал бы загрузчик HTML5, как этот: загрузчик значений
Конечно - вы сможете выбрать несколько файлов только в современных браузерах, в противном случае - это будет файл за файлом. но эй - если человек не заботится о переходе на более новые браузеры - он действительно, вероятно, в любом случае не знает, как Ctrl + щелчок.
Flash неправильно отправляет файлы cookie (файлы IE отправляются даже в том случае, если вы используете Firefox или Google Chrome). Итак, вы потеряете куки и, следовательно, сессии. Существует обходной путь - отправлять PHPSESSID в POST-запросах, но он просто открывает дверь широко для фиксации сеанса.