R-скрытие / удаление векторов в моем биплоте с помощью PCA

Question

Так что я просто хочу иметь возможность четко видеть точки и избавляться от векторов, потому что я их не интерпретирую, вот мой код:

FrogPCA <- prcomp(FrogData[,3:12], center=TRUE, scale=TRUE)

summary(FrogPCA)

biplot(FrogPCA, choices = c(1,2), col = c("magenta3", "slateblue3" ))

Любая помощь приветствуется!

Answer 1

Вот пример того, как воспроизвести вывод biplot без немасштабированных осей (то есть с красными стрелками) на основе набора данных USAarrests (к сожалению, вы не предоставите данные).

pca <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)

plot(pca$x[, "PC1"], pca$x[, "PC2"], type = "n", xlab = "PC1", ylab = "PC2")
text(pca$x[, "PC1"], pca$x[, "PC2"], rownames(pca$x))

Answer 2

Как насчет этого (пример с радужной оболочкой):

> data(iris)
> #iris
> 
> IrisPCA <- prcomp(iris[, 1:3], center = TRUE, scale = TRUE)
> table(iris$Species)

    setosa versicolor  virginica 
        50         50         50 
> 
> plot(IrisPCA$x, col = c(rep("red", 50), rep("green", 50), rep("blue", 50)))

Существует пакет с именем plot3D, который может выполнить то же самое в 3размеры.Если это полезно, я могу редактировать позже.

Надеюсь, это поможет.