сегодня я хотел запустить пакет TropFishR, проблема в том, чтобы (мне), все данные должны быть расположены в списке.Поэтому я попытался восстановить набор данных alba, чтобы в будущем повторить его с моими собственными данными.Вот что я сделал:
library(TropFishR)
data("alba")
str(alba) #the list contain 4 variables
List of 4
$ sample.no : int [1:14] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ midLengths: num [1:14] 1.5 2.5 3.5 4.5 5.5 6.5 7.5 8.5 9.5 10.5 ...
$ dates : Date[1:7], format: "1976-04-17" "1976-07-02" "1976-09-19" ...
$ catch : num [1:14, 1:7] 0 0 0 1 1 1 3 9 5 0 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:7] "1976.29315068493" "1976.50136986301" "1976.71780821918" "1976.95616438356" ...
- attr(*, "class")= chr "lfq"
И вот что я сделал:
#1 We create sample.no
sample.no <- c(1:14)
sample.no
#2 We create "midlengths"
midlengths <- seq(from = 1.5, to = 14.5, by = 1)
midlengths
#3 We create "dates"
dates <- as.Date(c("1976-04-17","1976-07-02", "1976-09-19", "1976-12-15", "1977-02-18",
"1977-04-30", "1977-06-24"))
dates
#4 We create "catch"
catch <- as.matrix(read.csv(file.choose(), header=T))
#I copied the alba length freq data, move it to excel and imported as csv file
colnames(catch)<-NULL
print(catch)
#5 create list files
synLFQb <- list(sample.no,midlengths,dates,catch)
synLFQb #just checked if it turned out to be as desired format
#6 create a name for the data list
names(synLFQb) <- c("sample.no","midlengths","dates","catch")
#Finally, we need to assign the class lfq to our new object in order to allow it to be recognized by other TropFishR functions, e.g. plot.lfq:
class(synLFQb) <- "lfq"
он выдаст «похожий» список данных
str(synLFQb)
List of 4
$ sample.no : int [1:14] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
$ midlengths: num [1:14] 1.5 2.5 3.5 4.5 5.5 6.5 7.5 8.5 9.5 10.5 ...
$ dates : Date[1:7], format: "1976-04-17" "1976-07-02" "1976-09-19" ...
$ catch : int [1:14, 1:7] 0 0 0 1 1 1 3 9 5 0 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : NULL
- attr(*, "class")= chr "lfq"
ОднакоКогда каждый раз я пытался выполнить эту простую команду:
plot(synLFQb, Fname="catch", hist.sc = 1)
Это приводило к ошибке:
> plot(synLFQb, Fname="catch", hist.sc = 1)
Error in plot.window(...) : need finite 'ylim' values
In addition: Warning messages:
1: In min(x, na.rm = na.rm) :
no non-missing arguments to min; returning Inf
2: In max(x, na.rm = na.rm) :
no non-missing arguments to max; returning -Inf
Любая помощь будет высоко ценится.