Наконец, мы закончили с использованием потока ввода файла с байтовым массивом и закрыли вручную из нашей программы:
FileInputStream fis = new FileInputStream(file);
byte[] data = IoUtils.toByteArray(fis);
s3.putObject(PutObjectRequest.builder().bucket(bucket).key(key).build(), RequestBody.fromBytes(data));
data = null;
fis.close();