Я бы сказал, что использование команд CLI в ваших конвейерах Jenkins - хорошая практика.
Я фанат настройки конвейеров Jenkins с помощью Менеджера артефактов S3 , поэтому артефакты конвейера, такие как шаблоны CF, автоматически доступны из S3.Оттуда просто выполните стек CloudFormation в задаче Jenkins.
Если ваш хостинг Jenkins в AWS, также неплохо просто добавить роль IAM в экземпляр, чтобы контролировать, какие действия API разрешено выполнять Jenkins, и использовать плагин.например CloudBees AWS CLI для ваших конвейерных задач.