Проблема, похоже, связана с тем, как плагин wtp-m2e загружает конфигурацию плагина maven-ear-plugin.Он не учитывает версию EAR по умолчанию и устанавливает версию аспекта EAR проекта равной 1.3.
Решение состоит в том, чтобы явно включить версию в конфигурацию maven -ear-plugin.
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-ear-plugin</artifactId>
<configuration>
<version>7</version>
</configuration>
</plugin>