Что нужно сделать, чтобы изменить этот скрипт, чтобы установить разрешенные расширения веб-сайтом, а не глобально.
appcmd set config /section:requestfiltering /+fileExtensions.[fileextension='string',allowed='true | false']
Так вы ориентируетесь на отдельные сайты.
appcmd set config "SITE_NAME_HERE" /section:system.webServer/security/requestFiltering /fileExtensions.[fileExtension='.json'].allowed:true