Я не думаю, что в Azure сегодня есть сервисы для кодирования видео. Может быть хорошей бизнес-идеей написать приложение для этого.
Вы можете загрузить видео до лазури, а затем воспользоваться другой службой, которая загрузит видео, закодирует его и снова отправит в облако. Основной проблемой этого подхода является стоимость полосы пропускания, которую вы понесете.