Единственная проблема в вашем коде - это строка:
String input = sc.next();
, которую следует изменить на:
String input = sc.nextLine();
, поскольку вы хотите разбить полную строку.Эти строки:
String[] ArrayIn = new String[100];
ArrayIn = input.split("\\.");
не выдают никакой ошибки, но могут быть объединены с:
String[] ArrayIn = input.split("\\.");
, поэтому я не могу понять, почему вы получили какие-либо ошибки из кода, который вы опубликовали.Может быть, это не весь код.