Кажется, вам нужно сделать окно IE верхним и полупрозрачным.
Но будьте осторожны, если кликать по окнам под IE, это означает, что вы не можете взаимодействовать с IE ни мышью, ни клавиатурой.
// Get IE's main HWND as ieWnd, then
LONG_PTR exStyle = GetWindowLongPtr(ieWnd, GWL_EXSTYLE);
SetWindowLongPtr(ieWnd, GWL_EXSTYLE, exStyle | WS_EX_TOPMOST | WS_EX_LAYERED | WS_EX_TRANSPARENT);
SetLayeredWindowAttributes(ieWnd, 0, 127, LWA_ALPHA);
SetWindowPos(ieWnd, HWND_TOPMOST, 0, 0, 0, 0, SWP_NOACTIVATE | SWP_NOMOVE | SWP_NOSIZE);