Извлечь всех родителей данного узла - PullRequest
Новая
       33

Извлечь всех родителей данного узла

0 голосов
/ 20 февраля 2019

Я пытаюсь извлечь всех родителей каждого данного GO Id (узла), используя EBI-RDF sparql конечная точка , я был основан на этом двух похожих вопросов для формулирования запроса, вот два примера, иллюстрирующих проблему:

Пример 1 ( Ссылка на структуру ): 

biological_process (GO:0008150)
           |__ metabolic process (GO:0008152)
                           |__ methylation (GO:0032259)

В этом примере, используя следующий запрос: 

PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dbpedia2: <http://dbpedia.org/property/>
PREFIX dbpedia: <http://dbpedia.org/>
PREFIX foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT (count(?mid) as ?depth)
       (group_concat(distinct ?midId ; separator = " / ") AS ?treePath) 
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?treePath
ORDER BY ?depth

Я получил желаемые результаты без проблем: 

c |              treePath
--|-------------------------------------
6 | GO:0008150 / GO:0008152 / GO:0032259

Но когда термин существует в нескольких ветвях (например, GO:0007267), как и в случае ниже, предыдущий подход не работал:

Пример 2 ( Ссылка на структуру ) 

biological_process (GO:0008150)
           |__ cellular_process (GO:0009987)
           |           |__ cell communication (GO:0007154)
           |                       |__ cell-cell signaling (GO:0007267)
           |
           |__ signaling (GO:0023052)
                      |__ cell-cell signaling (GO:0007267)

Результат: 

c |                            treePath
--|---------------------------------------------------------------
15| GO:0007154 / GO:0007267 / GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0023052

Я хотел получить следующее: 

GO:0008150 / GO:0009987 / GO:0007154 / GO:0007267
GO:0008150 / GO:0023052 / GO:0007267

Я понял, что под капотом я вычисляю глубинукаждый уровень и использование его для построения пути, это прекрасно работает, когда у нас есть элемент, принадлежащий только одной ветви. 

SELECT (count(?mid) as ?depth) ?midId
FROM <http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go> 
WHERE {
    obo:GO_0032259 rdfs:subClassOf* ?mid .
    ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
    ?mid <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id> ?midId.
}
GROUP BY ?midId
ORDER BY ?depth

Результат: 

depth |   midId
------|------------
1     | GO:0008150
2     | GO:0008152
3     | GO:0032259

Во втором примере все пропущено, и я не понял, почему, во всяком случае, я уверен, что частью проблемы являются термины, которые имеют одинаковую глубину / уровень, но я не знаю, как можноЯ решаю это. 

depth |   midId
------|------------
2     | GO:0008150
2     | GO:0009987
2     | GO:0023052
3     | GO:0007154
6     | GO:0007267

1 Ответ

0 голосов
/ 20 февраля 2019

Благодаря @AKSW я нашел достойное решение, используя HyperGraphQL ( GraphQL интерфейс для запросов и обслуживания связанных данных в Интернете).

Я будуоставьте подробный ответ здесь, это может кому-то помочь.

  1. Я скачал и настроил HyperGraphQL Страница загрузки

  2. Связал его с конечной точкой EBI Sparql какописанный в этом руководстве

    Файл config.json, который я использовал: 

    {
    "name": "ebi-hgql",
    "schema": "ebischema.graphql",
    "server": {
        "port": 8081,
        "graphql": "/graphql",
        "graphiql": "/graphiql"
    },
    "services": [
        {
            "id": "ebi-sparql",
            "type": "SPARQLEndpointService",
            "url": "http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql",
            "graph": "http://rdf.ebi.ac.uk/dataset/go",
            "user": "",
            "password": ""
        }
    ]
}

    Вот как выглядит мой ebischema.graphql файл (поскольку мне нужно было только Class, id, label и subClassOf): 

    type __Context {
    Class:          _@href(iri: "http://www.w3.org/2002/07/owl#Class")
    id:             _@href(iri: "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id")
    label:          _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label")
    subClassOf:     _@href(iri: "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf")
}

type Class @service(id:"ebi-sparql") {
    id: [String] @service(id:"ebi-sparql")
    label: [String] @service(id:"ebi-sparql")
    subClassOf: [Class] @service(id:"ebi-sparql")
}

  3. Я начал тестировать какой-то простой запрос, но постоянно получал пустой ответ;ответ на этот вопрос решил мою проблему.

  4. Наконец я построил запрос для получения дерева

    Используя этот запрос: 

    {
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
      }
    }
  }
}

    Я получил несколько интересных результатов: 

    {
  "extensions": {},
  "data": {
    "@context": {
      "_type": "@type",
      "_id": "@id",
      "id": "http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#id",
      "label": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label",
      "Class_GET_BY_ID": "http://hypergraphql.org/query/Class_GET_BY_ID",
      "subClassOf": "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf"
    },
    "Class_GET_BY_ID": [
      {
        "id": [
          "GO:0032259"
        ],
        "label": [
          "methylation"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0008152"
            ],
            "label": [
              "metabolic process"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      },
      {
        "id": [
          "GO:0007267"
        ],
        "label": [
          "cell-cell signaling"
        ],
        "subClassOf": [
          {
            "id": [
              "GO:0007154"
            ],
            "label": [
              "cell communication"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0009987"
                ],
                "label": [
                  "cellular process"
                ]
              }
            ]
          },
          {
            "id": [
              "GO:0023052"
            ],
            "label": [
              "signaling"
            ],
            "subClassOf": [
              {
                "id": [
                  "GO:0008150"
                ],
                "label": [
                  "biological_process"
                ]
              }
            ]
          }
        ]
      }
    ]
  },
  "errors": []
}

EDIT

Это было именно то, что я хотел, но я заметил, чтоЯ не могу добавить другой подуровень, подобный этому: 

{
  Class_GET_BY_ID(uris:[
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032259",
    "http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0007267"]) {
    id
    label
    subClassOf {
      id
      label
      subClassOf {
        id
        label
        subClassOf {  # <--- 4th sublevel
          id
          label
        }
      }
    }
  }
}

Я создал новый вопрос: Возвращена конечная точка Content-Type: text / html, который не распознается для запросов SELECT

...