Настройка MKL с помощью R - PullRequest
Новая
       36

Настройка MKL с помощью R

0 голосов
/ 20 февраля 2019

У меня проблема при запуске потоков с R с использованием библиотеки MKL .В настоящее время я использую Ubuntu 18.04.2 LTS. 

Linux pedro-HP-EliteOne-800-G1-AiO 4.18.0-15-generic #16~18.04.1-Ubuntu SMP Thu Feb 7 14:06:04 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

r-open$ screenfetch 
                          ./+o+-       pedro@pedro-HP-EliteOne-800-G1-AiO
                  yyyyy- -yyyyyy+      OS: Ubuntu 18.04 bionic
               ://+//////-yyyyyyo      Kernel: x86_64 Linux 4.18.0-15-generic
           .++ .:/++++++/-.+sss/`      Uptime: 19h 27m
         .:++o:  /++++++++/:--:/-      Packages: 1834
        o:+o+:++.`..```.-/oo+++++/     Shell: bash
       .:+o:+o/.          `+sssoo+/    Resolution: 1920x1080
  .++/+:+oo+o:`             /sssooo.   DE: GNOME 
 /+++//+:`oo+o               /::--:.   WM: GNOME Shell
 \+/+o+++`o++o               ++////.   WM Theme: Adwaita
  .++.o+++oo+:`             /dddhhh.   GTK Theme: Ambiance [GTK2/3]
       .+.o+oo:.          `oddhhhh+    Icon Theme: ubuntu-mono-dark
        \+.++o+o``-````.:ohdhhhhh+     Font: Ubuntu 11
         `:o+++ `ohhhhhhhhyo++os:      CPU: Intel Core i5-4590S @ 4x 3.7GHz [27.8°C]
           .o:`.syhhhhhhh/.oo++o`      GPU: intel
               /osyyyyyyo++ooo+++/     RAM: 2659MiB / 7867MiB
                   ````` +oo+++o\:    
                          `oo++.

Примечание : моя машина имеет 4 ядра .

Изначально я скачал файл l_mkl_2019.2.187.tgz на сайте Intel и сделал установку для /home/pedro/.Позже я скачал файл R-3.5.2.tar.gz для компиляции R с многопоточной поддержкой MKL .Я выполнил компиляцию, выполнив: 

source /home/pedro/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
cd /home/pedro/Downloads/R-3.5.2 && ./configure --enable-R-shlib --enable-threads=posix --with-lapack --with-blas="-fopenmp -m64 -I$MKLROOT/include -L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lpthread -lm"
make
make install

Видимо, компиляция прошла без проблем.Используя команду sessionInfo(), я получил следующий результат: 

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.2 LTS

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/pedro/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl/lib/intel64_lin/libmkl_gf_lp64.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=pt_BR.UTF-8        LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8    LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=pt_BR.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.2

В основном я пытаюсь распараллелить симуляцию Монте-Карло, используя функцию parallel :: mclapply.Дело в том, что серийно (1 ядро) у меня лучшие результаты при использовании MKL , но при попытке распараллеливания я понимаю, что потоки не запускаются в 4 ядрах.

Что я сделалс использованием функции parallel::mclapply было:

parallel::mclapply(1:8, FUN = function(x) func_metodos(), mc.cores = 4)), где func_metodos() - это функция, которую я реализовал в R и хочу повторить 8 раз.

Примечание : Я хотел бы получить решение, отличное от Microsoft R Open .Я не люблю использовать то, на что Microsoft кладет руку.

С уважением.

1 Ответ

0 голосов
/ 20 февраля 2019

Я рассмотрел это в некоторой длине в

Это может быть полностью автоматизировано, как я продемонстрировал там.Я могу добавить больше цвета, но мне пора бежать ...

...