Вы можете добавить drawtext после наложения.
ffmpeg -i in.mp4 -i watermark.png -filter_complex "[0]fps=10,scale=320:-1:flags=lanczos[bg];[bg][1]overlay=W-w-5:H-h-5,drawtext=text='foo',palettegen" palette.png
ffmpeg -i in.mp4 -i watermark.png -i palette.png -filter_complex "[0]fps=10,scale=320:-1:flags=lanczos[bg];[bg][1]overlay=W-w-5:H-h-5,drawtext=text='foo'[x];[x][2]paletteuse=dither=bayer:bayer_scale=3" output.gif