Вы устанавливаете значение по умолчанию как объект:
this.markerForm.controls['markerType'].setValue( this.markerTypes[1], {onlySelf: true});
И вы говорите, что ваше значение является идентификатором:
<option id="markerType" [value]="markerType.id" *ngFor="let markerType of markerTypes">{{markerType.desc}}</option>
У вас есть несколько вариантов здесь,это зависит от того, как вы хотите, чтобы значение вашей формы было.
Используя Id:
this.markerForm.controls['markerType'].setValue( this.markerTypes[1].id, {onlySelf: true});
<option id="markerType" [value]="markerType.id" *ngFor="let markerType of markerTypes">{{markerType.desc}}</option>
Используя Desc:
this.markerForm.controls['markerType'].setValue( this.markerTypes[1].desc, {onlySelf: true});
<option id="markerType" [value]="markerType.desc" *ngFor="let markerType of markerTypes">{{markerType.desc}}</option>
Использование объекта:
В этом случае вы должны использовать [ngValue], [значение] используется только для строковых переменных типа.
this.markerForm.controls['markerType'].setValue( this.markerTypes[1], {onlySelf: true});
<option id="markerType" [value]="markerType" *ngFor="let markerType of markerTypes">{{markerType.desc}}</option>
Рабочий пример