FHIR
- это стандарт обмена медицинскими данными, опубликованный HL7®.
DocumentReference
Предоставляет метаданные о документе, так что документ может быть обнаружен и обработан
Через Provenance можно
описать сущности и процессы, вовлеченные в производство и доставку или иным образом влияющие на этот ресурс
Почти 80 процентов клиническихинформация в электронных медицинских записях (EHR) является «неструктурированной» и в формате, который системы информационных технологий здравоохранения не могут использовать.
Поэтому естественно применять компьютерные методы для автоматического создания структурированных данных из медицинских карт.,Для этого существует несколько реализаций, доступных как на рынке, так и с полностью открытым исходным кодом.Например, cTAKES, CLAMP, NOBLE, ClarityNLP и другие - все это свободно доступные решения, предназначенные для этой задачи.
Все они удовлетворяют особую потребность в создании структурированных данных из неструктурированных медицинских заметок, однако все они доставляют структуру, используя свои собственныеформат, который в конечном итоге может быть преобразован в FHIR.
Тем не менее, центральная проблема заключается в том, как представить Происхождение извлеченной информации, поскольку FHIR, насколько мне известно, отсутствует способ подключения кточное местоположение в объекте DocumentReference, из которого была извлечена информация, с какой технологией и каков уровень «качества» извлеченной информации.
Перед отправкой запроса на изменение https://gforge.hl7.org/gf/project/fhir/tracker/?action=TrackerItemBrowse в соответствии с нормативом FHIR, рекомендуется раскрыть проблему как можно большему сообществу, а stackoverflow.com является одним из основных рекомендуемых каналов.
Для этого я с нетерпением жду мнений по этому вопросу, а именно о том, как определить происхождение ресурсов FHIR, созданных путем применения НЛП над медицинскими рассказами.Например, взяв пример из Корпуса неблагоприятных событий Gurulingappa et al. https://doi.org/10.1016/j.jbi.2012.04.008,
10030778|Intravenous azithromycin-induced ototoxicity.|ototoxicity|43|54|azithromycin|22|34
123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1 2 3 4 5
Вопрос состоит в том, как представить в FHIR, что такая вызванная наркотиками проблема была извлечена из конкретногопозиции байтов 22-34 (наркотик) и 43-54 (проблема) из текста (в данном примере заголовок статьи 1999 г.).
{
"resourceType": "AdverseEvent",
"id": "example",
"actuality": "actual",
"category": [
{
"coding": [
{
"system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/adverse-event-category",
"code": "product-use-error",
"display": "Product Use Error"
}
]
}
],
"event": {
"coding": [
{
"system": "http://snomed.info/sct",
"code": "9062008",
"display": "Ototoxicity (disorder)"
}
],
"text": "10030778|Intravenous azithromycin-induced ototoxicity."
},
"subject": {
"reference": "Patient/example"
},
"date": "1999-02-29T00:00:00+00:00",
"seriousness": {
"coding": [
{
"system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/adverse-event-seriousness",
"code": "Non-serious",
"display": "Non-serious"
}
]
},
"severity": {
"coding": [
{
"system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/adverse-event-severity",
"code": "mild",
"display": "Mild"
}
]
},
"recorder": {
"reference": "Pharmacotherapy. 1999 Feb;19(2):245-8."
},
"suspectEntity": [
{
"instance": {
"reference": "Azithromycin"
}
}
]
}
В настоящее время стандарт FHIR не позволяет представлять точныепозиция байта, качество извлечения и метод, используемый для его выполнения.